La vallée est ponctuée de villages qui s'installent alternativement en rive droite ou en rive gauche. Ils se répartissent au fil de la vallée selon trois typologies bâties :
- en piémont, lorsque la vallée est assez large : ils s'installent alors le plus souvent à l'abri d'un vallon affluent de la Cisse comme à Molineuf ;
- à flanc de coteau, en profitant d'un éperon ou d'une boucle de la rivière ; c'est le cas de Saint-Lubin-en-Vergonnois ;
- en sommet de coteau, bénéficiant alors de la double orientation vers la vallée et vers les plateaux, comme à Orchaise par exemple. Les centres, aux maisons denses et groupées, forment des sites bâtis remarquables.